Pourtant, certaines personnes au sein du groupe dirigeant de la couche supérieure tibétaine s'opposaient fondamentalement à la réforme, dans l'espoir de protéger les intérêts acquis et les privilèges de la classe des propriétaires de serfs ainsi que de préserver à jamais le système de servage. Elles cherchaient à violer et à saper l'Accord en dix-sept articles, redoublaient d'efforts dans leurs activités séparatistes et déclenchaient des rébellions armées. En mars et avril 1952, avec le soutien secret de Sicab Lukangwa et Losang Shaxi, fonctionnaires du gouvernement local du Tibet, la « Conférence populaire », une organisation illégale, suscita des agitations à Lhasa, déclarant son opposition à l'Accord en dix-sept articles et demandant le retrait du Tibet des unités de l'Armée populaire de Libération. En mai 1955, le XIVe Dalaï Lama arriva dans la province du Sichuan avant de regagner le Tibet. Sous prétexte d'activités bouddhiques, Surkang Wangqing Geleg, kalon du gouvernement local du Tibet, et Yongzin Trigyang, assistant du maître des soutras du Dalaï Lama, suivirent respectivement la route du nord et celle du sud en passant par Garzê et Dêgê et par Qagchêng et Litang. En chemin, ils rencontrèrent les chefs de tribu locaux et les supérieurs des monastères et incitèrent l'opposition armée à la réforme démocratique. Sous prétexte d'accueillir le retour du Dalaï Lama, Gyale Choze, président de la « Conférence populaire » et quatre autres personnes se rendirent spécialement à Ya'an et à Kangding du Xikang (Kham) et, de concert avec Yongzin Trigyang, formèrent une alliance avec le supérieur du monastère Litang, les chefs de tribu réactionnaires et l'agent secret du Guomindang qui se cachait depuis longtemps dans le monastère Litang pour comploter une rébellion armée. En 1957, Lozang Samten (3e frère aîné du Dalaï Lama) incita Chimed Gonpo, chef de tribu de Jomda Dzong de Qamdo, à suivre les « instructions du Dalaï Lama » et à rassembler les forces rebelles pour déclencher une rébellion locale. En mai 1957, grâce au soutien des kalon du gouvernement local du Tibet, Neuxar Tubdain Tarbas et Xainga Gyurme Doje, une organisation rebelle Chushi Kangdruk (Quatre rivières, six montagnes) fut créée, puis des troupes rebelles qui se donnèrent le nom de Ten Dzong Ma Mi (Soldats de la forteresse de la foi). Les mutins scandèrent des slogans pour « l'indépendance du Tibet » et l'opposition à la réforme. Ils harcelèrent les régions de Qamdo, Dêngqên, Heihe et Shannan, détruisirent des routes, attaquèrent les organismes et les unités de l'armée que les autorités centrales avaient envoyés dans ces régions ; ils pillèrent des biens, tuèrent des cadres, persécutèrent des habitants et violèrent des femmes.

Par la suite, le gouvernement populaire central demanda à maintes reprises au gouvernement local du Tibet de punir les rebelles et de maintenir l'ordre public. Pourtant, la clique réactionnaire au sein de la couche supérieure du Tibet appréciait faussement la situation et considérait la patience et l'indulgence du gouvernement central comme une faiblesse dont elle pouvait tirer parti. Elle déclara : « Depuis neuf ans, les Han n'ont pas osé toucher à notre système qui est le plus beau et le plus sacré ; lorsque nous les attaquons, ils ne font que se défendre, sans avoir la force nécessaire pour lancer des contre-attaques. Si nous réussissons à expédier une importante force armée à Lhasa, les Han s'enfuiront dès notre première attaque ; s'ils résistent, nous amènerons le Dalaï Lama à Shannan, où nous concentrerons de nouveau nos forces pour déclencher un nouvel assaut, et nous prendrons la ville de Lhasa. Si, finalement, tout échoue, nous pourrons nous réfugier en Inde. »