Le COVID-19 ne serait pas arrivé en France directement de Chine ou d'Italie, selon des scientifiques français

Une étude génétique menée par des scientifiques de l'Institut Pasteur français suggère que la propagation de l'épidémie de nouveau coronavirus (COVID-19) en France serait pour très peu liée à des cas importés de Chine ou d'Italie, mais à une souche dont l'origine serait encore inconnue pour l'instant, a rapporté mercredi le quotidien français Les Echos.

Dans cette étude dirigée par Sylvie van der Werf, directrice du Centre national de référence des virus respiratoires de l'Institut Pasteur, et Etienne Simon-Lorière, virologue du même institut, les chercheurs ont découvert que la principale souche du COVID-19 présente en France était liée à un groupe génétique (un « clade » dans le langage scientifique) qui n'avait aucun lien avec la Chine ou l'Italie.

Cette étude « a bouleversé ce que nous pensions des origines de cette épidémie en France » et « illustre la difficulté à la contenir », ont commenté Les Echos.

Dans cette étude non revue par des pairs publiée sur bioRxiv.org la semaine dernière, les chercheurs ont déclaré avoir séquencé 97 génomes de syndrome respiratoire aigu sévère à coronavirus 2 (SRAS-CoV-2) à partir d'échantillons prélevés entre le 24 janvier et le 24 mars auprès de patients infectés en France.

Les premiers cas européens échantillonnés le 24 janvier dans la région Ile-de-France étaient directement importés de la province chinoise du Hubei, et les génomes tombent en conséquence près de la base de l'arbre, dans le clade V, selon la nomenclature GISAID (une base de données mondiale sur la grippe).

« L'analyse phylogénétique a identifié plusieurs introductions indépendantes précoces de SRAS-CoV-2 sans transmission locale, mettant en évidence l'efficacité des mesures prises pour empêcher la propagation du virus à partir de cas symptomatiques », indique le document.

« Parallèlement, nos données génomiques révèlent la circulation prédominante ultérieure d'un clade majeur dans de nombreuses régions françaises, ce qui implique une circulation locale du virus dans des infections non documentées avant la vague de cas de COVID-19 », ajoute l’étude.

Toutes les autres séquences du nord de la France tombent dans le clade G, et cela comprend les séquences échantillonnées lors de la forte augmentation des cas signalés dans de nombreuses régions fortement touchées.

« Alors qu'un échantillonnage plus approfondi sera nécessaire pour confirmer cette observation, cela suggère que, contrairement à ce qui est observé pour de nombreux autres pays européens, l'épidémie française a été principalement diffusée par une ou plusieurs variantes de ce clade », ont avancé les chercheurs.

Plusieurs génomes correspondent à des patients ayant des antécédents récents de voyages en Europe, aux Emirats Arabes Unis, à Madagascar ou en Egypte, et pourraient représenter des introductions supplémentaires du même clade.

« Étant donné que le premier représentant du clade G n'avait aucun antécédent de voyage ou de contact avec des voyageurs de retour de l’étranger, nous pouvons déduire que le virus circulait silencieusement en France en février, un scénario compatible avec la grande proportion de maladies bénignes ou asymptomatiques et les observations dans d'autres pays européens », indique l’étude.

Faute de pouvoir dire d'où provient cette souche et depuis combien de temps elle circule en France sans avoir été détectée, les chercheurs estiment que leurs travaux permettent de tirer la sonnette d’'alarme sur la nécessité de mieux suivre les patients asymptomatiques.

« Cette étude souligne l'importance du séquençage génomique continu et géographiquement large, et appelle à de nouveaux efforts avec l'inclusion des infections asymptomatiques », peut-on lire dans l’article.