Le dialogue et la négociation entre les deux rives, sous la lumière du principe d'une seule Chine, constituent un levier important pour améliorer et développer les relations entre les deux rives, mais aussi la seule voie permettant de réaliser la réunification pacifique. Dans les années 1990, ont eu lieu l'entretien et la rencontre Wang-Koo, lançant les pourparlers sur les affaires ordinaires et le dialogue politique entre les deux rives et favorisant le développement des relations bilatérales. Néanmoins, la situation favorable a été sabotée par l'idée de « deux Chine » de Lee Teng-hui ; par la suite, après son arrivée au pouvoir, Chen Shui-bian a refusé de reconnaître le Consensus atteint en 1992 entre l'ARATS et la SEF. Les pourparlers n'ont pas pu reprendre.

Le 3 mai 1986, Wang Xijue, chef de l'équipage de l'avion-cargo Boeing 747 n°B198 de la China Airlines de Taiwan, pilote un avion de la Thaïlande vers Hongkong. À mi-chemin, il atterrit à l'aéroport Baiyun de Guangzhou et demande à s'installer dans la partie continentale du pays. À la suite de l'invitation à deux reprises par l'Administration de l'aviation civile de Chine, les autorités taiwanaises étaient d'accord d'autoriser les représentants de la China Airlines à procéder aux négociations avec leurs homologues de l'Administration de l'aviation civile de Chine. Après quatre jours de négociations, du 17 au 20 mai, les deux parties parviennent à un accord. C'est la première négociation ouverte sur un cas concret menée par les services compétents des deux rives du détroit.

En 1990, la police taiwanaise a rapatrié à deux reprises des pêcheurs de la partie continentale saisis, dont 46 étaient morts à cause de traitements inhumains. En septembre de la même année, lors des négociations à Kinmen, la Société nationale de la Croix-Rouge de Chine et l'organisation de la Croix-Rouge de Taiwan ont signé l'Accord de Kinmen en vue de résoudre les problèmes de rapatriement des habitants des deux rives, des criminels suspects ou des auteurs de délits de droit commun. Il s'agit, depuis 1949, du premier accord écrit signé par des organisations populaires autorisées.

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