Historiquement, le Xinjiang a toujours été une région où coexistent plusieurs religions ; cette situation existe d'ailleurs encore de nos jours. Actuellement, l'islam, le bouddhisme, le protestantisme, le catholicisme, le taoïsme, etc., y sont pratiqués. Le gouvernement chinois a adopté une politique de liberté religieuse que le Xinjiang applique totalement. Il défend le droit du citoyen à la liberté de croyance religieuse, garantit les droits et intérêts des milieux religieux et fait progresser l'œuvre religieuse d'une manière saine et méthodique, en fonction de la loi.

La liberté de croyance religieuse est un des droits essentiels que la Constitution chinoise accorde aux citoyens chinois. Selon la Constitution de la République populaire de Chine : « Les citoyens chinois jouissent de la liberté de croyance religieuse. » « Tout organe d'Etat, corps social ou individu ne peut forcer les citoyens à avoir ou ne pas avoir de croyances religieuses et ne doit pas adopter une attitude discriminatoire envers les citoyens croyants ou athées. » « L'Etat défend les activités religieuses normales. » Les Stipulations sur les affaires religieuses publiées par le Conseil des Affaires d'Etat prévoient aussi que « les citoyens jouissent de la liberté de croyance religieuse. Aucune organisation ni aucun individu ne peut forcer les citoyens à avoir ou ne pas avoir une croyance religieuse ; ils ne doivent pas adopter une attitude discriminatoire envers les citoyens croyants ou athées. Les citoyens de différentes croyances tout comme les citoyens athées doivent se respecter mutuellement et travailler à leur bonne entente. » D'autres lois et règlements chinois en la matière stipulent précisément la défense du droit du citoyen à la liberté de croyance religieuse. L'Etat souligne l'égalité de tout citoyen devant la loi ; les citoyens ont la liberté d'avoir ou de ne pas avoir une croyance religieuse. Lorsqu'ils jouissent du droit de croyance religieuse, ils doivent assumer les devoirs correspondants qui leur incombent. Celui qui viole le droit de croyance religieuse du citoyen et les règlements concernés doit assumer sa responsabilité légale, qu'il soit croyant ou non.

Au Xinjiang, toutes les ethnies jouissent de la pleine liberté de croyance religieuse. Avoir ou ne pas avoir de croyances religieuses dépend entièrement du libre choix du citoyen, qui est protégé par la loi, et ne souffre pas l'intervention de tout organe, corps social ou individu. Jusqu'en 2008, la Région autonome comptait 24 800 lieux d'activités religieuses tels que des mosquées, des églises et des temples bouddhistes et taoïstes, 29 000 clercs, 91 corps religieux et 2 écoles religieuses. Depuis les années 1980, les pèlerins qui se sont rendus en Arabie saoudite depuis le Xinjiang ont dépassé les 50 000 personnes, tandis qu'au cours de ces dernières années, les pèlerins se sont chiffrés chaque année à environ 2 700. En 2008, les personnages religieux remplissant des fonctions dans les assemblées populaires et les conférences de consultation politique aux échelons divers étaient au nombre de 1 800. En tant que représentants des masses croyantes, ils participent activement aux affaires politiques, en discutent les problèmes et exercent une surveillance sur l'application de la politique de liberté de croyance religieuse.

L'Etat et la Région autonome administrent les affaires religieuses et protègent les droits et intérêts légaux des corps religieux, des lieux d'activités religieuses et des citoyens croyants, selon la loi et les règlements concernés. Depuis plusieurs années, le Conseil des Affaires d'Etat a promulgué les Stipulations sur les affaires religieuses ; le comité permanent de l'assemblée populaire de la Région autonome a élaboré et promulgué les Stipulations de la Région autonome ouïgoure du Xinjiang sur la gestion des affaires religieuses ; le gouvernement populaire de la Région autonome a élaboré les Règles provisoires de la Région autonome ouïgoure du Xinjiang sur la gestion des lieux d'activités religieuses, les Règlements provisoires de la Région autonome ouïgoure du Xinjiang sur la gestion du clergé et les Règlements provisoires de la Région autonome ouïgoure du Xinjiang sur la gestion des activités religieuses. Ces décrets et règlements précisent de façon approfondie que : les citoyens ont le droit à la liberté de croyance religieuse ; l'Etat protège les activités religieuses normales et défend les droits et intérêts légitimes des corps religieux, des lieux d'activités religieuses et des citoyens croyants en fonction de la loi ; les corps religieux, les lieux d'activités religieuses et les citoyens croyants se doivent de respecter la Constitution, les lois, les décrets et les règlements correspondants et sauvegarder l'unité nationale, la solidarité interethnique et la stabilité sociale ; toute organisation ou tout individu ne devra pas profiter de la religion pour porter atteinte à l'ordre social, à la santé des citoyens, au système d'éducation de l'Etat, ainsi qu'aux intérêts de l'Etat, aux intérêts publics de la société et aux droits et intérêts légitimes du citoyen ou intervenir dans les affaires administratives et judiciaires de l'Etat.

La Région autonome protège, conformément aux lois, règlements et stipulations concernés, toutes les activités religieuses régulières organisées dans les lieux d'activités religieuses ou chez les croyants. L'adoration du Bouddha, le récit des soutras, le brûlage des bâtonnets d'encens, la messe, les prières, le prêche, le baptême, la réception de préceptes pour devenir bonze, le jeûne, la célébration des fêtes religieuses, le sacrement des malades, la commémoration, etc., sont organisés indépendamment par les organisations religieuses ou les croyants, protégés par la loi et exemptés de toute intervention. Il est interdit de profiter de la religion pour intervenir dans les affaires administratives et judiciaires de l'Etat, dans l'éducation, dans les mariages et dans les procès civils.

Au Xinjiang, l'œuvre religieuse se développe régulièrement. Actuellement, ont été publiés dans les langues ouïgoure, chinoise, kazakhe, et kirghize des canons religieux tels que le Coran, Al-Djami As-Sahih (La Somme authentique) d'Al-Bukhari, les Annotations sur le Coran, le Recueil de discours, ainsi que le Nouveau recueil de discours et la revue L'Islam de Chine. Ces ouvrages ont été tirés à plus d'un million d'exemplaires. Un grand nombre de mosquées du Xinjiang sont inscrites sur la liste du patrimoine sous protection de l'Etat, de la Région autonome et du district. En 1999, le gouvernement central a investi 7,6 millions de yuans dans la restauration de trois mosquées situées respectivement à Urumqi, à Yining et à Hotan. La mosquée Id Kah à Kashi, le mausolée Apak Hoja Mazar et le minaret d'Emin à Turpan ont été restaurés à plusieurs reprises grâce aux ressources financières du gouvernement. Rien que pour l'année 2008, le gouvernement a placé 33 millions de yuans pour restaurer la mosquée Id Kah à Kashi et le mausolée Apak Hoja Mazar.

Le Xinjiang compte 10 ethnies minoritaires dont la plupart de ses membres sont musulmans, totalisant une population de 11,3 millions d'habitants. Au début de la réforme et de l'ouverture sur l'extérieur, on comptait 2 000 mosquées, aujourd'hui, on en compte environ 24 300 ; et les clercs, alors un peu plus de 3 000, sont actuellement au nombre de 28 000. Depuis la fondation de l'Institut des canons islamiques du Xinjiang, celui-ci a offert des cours en langue ouïgoure et dans d'autres langues ethniques, a formé 489 imams, khatibs et enseignants d'écoles coraniques, et compte actuellement 161 étudiants. De 2001 à 2008, l'Ecole des canons islamiques a fourni un stage à plus de 20 000 clercs. Les personnages religieux ainsi que les écoles et les classes de canons islamiques ouvertes par les associations islamiques dans toutes les préfectures (départements ou municipalités) ont formé 3 133 talibés dont 1 518 sont diplômés, et 803 diplômés sont devenus des clercs. A partir de 2001, le Xinjiang a successivement envoyé 47 personnes effectuer des études approfondies dans des établissements d'enseignement supérieur de pays islamiques comme l'Egypte et le Pakistan.

D'un point de vue historique, des conflits ont eu lieu dans la région du Xinjiang entre différentes religions et différentes écoles partageant la même religion. Au milieu du X^e siècle, la guerre religieuse entre les Karakhanides islamiques et le royaume bouddhiste de Yutian a duré plus de 40 ans. Sous les dynasties des Ming et des Qing, les disputes au sein des musulmans ont duré plusieurs siècles. Ces guerres interreligieuses et ces luttes intestines ont porté atteinte à l'unité entre religions et sectes ainsi qu'à l'harmonie et à la stabilité de la société. Depuis la fondation de la Chine nouvelle, l'application de la politique de la liberté de croyance religieuse et la gestion des affaires religieuses selon la loi permettent la coexistence harmonieuse entre les différentes religions du Xinjiang tout comme le respect et la compréhension réciproques entre citoyens croyants et athées, et entre citoyens de différentes croyances. Les différentes ethnies n'ont pas rencontré de problèmes et de conflits liés à la différence de religions et de sectes.