Grâce à la réforme sans cesse poursuivie au cours de ces dernières années, le système de l'enseignement supérieur, qui a commencé à prendre forme, s'est perfectionné davantage. Le projet de réaliser 100 universités de premier ordre dans le monde a débuté en 1993. Au cours des dix dernières années, 708 établissements d'enseignement supérieur ont été réorganisés pour constituer 302 universités pluridisciplinaires. En septembre 1999, l'Institut national des Arts et Métiers a été intégré à l'Université Qinghua, connue sous le nom de "Cambridge de Chine". En avril 2000, l'Université de Beijing, un établissement vieux de plus de cent ans, et l'Université des Sciences médicales de Beijing, le meilleur établissement médical en Chine, ont réalisé leur union. A l'heure actuelle, on compte 1 911 établissements d'enseignement supérieur dans l'ensemble du pays. L'Etat a établi des fonds spéciaux pour aider certaines universités à se classer aux premiers rangs dans le monde. Une trentaine d'établissements d'enseignement supérieur ont bénéficié de ce soutien.

L'élargissement de l'admission de nouveaux étudiants dans les établissements d'enseignement supérieur dure déjà depuis plusieurs années. Les établissements d'enseignement supérieur ordinaires du pays ont admis 1,08 million de nouveaux étudiants en 1998 . Le nombre des admis est passé de 1,6 million en 1999 à 3,2 millions en 2002. En 2003, les établissements d'enseignement supérieur envisagent de recruter 3,35 millions de nouveaux étudiants, soit 150 000 personnes de plus que l'année précédente. Les établissements d'enseignement supérieur et les instituts de recherche scientifique vont recruter 217 000 aspirants chercheurs, soit une augmentation de 33% par rapport à l'année précédente.

La capacité effective des recherches scientifiques des établissements d'enseignement supérieur a été considérablement renforcée, créant ainsi les forces vives de l'innovation scientifique et technique du pays, dans le domaine des recherches de base en particulier. Les établissements d'enseignement supérieur ont renforcé leur coopération dans le domaine de la production, de l'enseignement et des recherches pour accélérer le rythme de la transformation des acquis scientifiques et techniques. Un grand nombre d'entreprises de hautes et nouvelles technologies et de nouveaux produits scientifiques et techniques sont apparus. 22 parcs scientifiques et techniques des universités d'Etat sont devenus des bases très importantes pour la transformation des acquis de hautes et nouvelles technologies.